Az ifjú Nemo történetének első részében megismerhetjük a fiút, akiből később a legendás Nemo kapitány lett. Európa, 1829. Egy barna bőrű fiú száll le egy óceánjáró hajóról Le Havre kikötőjében, ahonnan lovas kocsi viszi a Párizs környékén lévő, előkelő bentlakásos iskolába. De ő nem olyan, mint a többi diák: magányos, hallgatag, és senki sem ismeri a valódi nevét. Aki a barátja akar lenni, szólíthatja Nemónak. Bizalmatlansága és titokzatossága ellenére az intézetben csakugyan új barátokra talál. Egyikük az ifjú, szőke, szabadságra vágyó Ashlynn, másikuk a jószívű mindenes szolga, Daniel, aki korábban cirkuszi akrobataként kereste a kenyerét. Nemo csak nekik árulja el nagy titkát, vagyis azt, hogy honnan jön, és miért vesztette el a nevét. A fiúnak fontos küldetése van. Ám valaki már átkelt az óceánon, hogy a nyomára bukkanjon. ő pedig semmiképpen nem akarja, hogy megtalálják. A három barát olyan izgalmas kalandra indul, amelyhez vállalkozó szellem, bizalom és hatalmas bátorság szükségeltetik.