Lost Beyond a 2000-es évek elején, valahol egy a világtól elzárt területen, egy sötét erdőben játszódik, ahol egykor viragzó városok és kisebb falvak élete zajlott. Kihalt, romos házak álldogálnak némán a rengeteg sötétjében, átadva magukat a burjánzó természetnek és még valami másnak. Most az emberi képzeletet felülmúló jelenségek töltik be a tér minden rejtélyes pontját: van ahol derült égből villám csap le, van ahol a víz tükre égni kezd, van ahol a semmiből támadnak tornádók, és ez még csak töredéke a beszámolóknak. Úgynevezett anomáliák születnek, és hunynak ki vég nélkül, furcsa, rendkívüli képességekkel bíró tárgyakat hagyva maguk után: bizonyos relikviákat, melyek képesek gyógyítani, védelmet nyújtani, teleportálni, vagy adott esetben utat mutatni a legtitkosabb vágyaidhoz.